L'allergia produce una reazione immediata a seguito del contatto con la sostanza e chimicamente coinvolge una particolare classe di anticorpi nonché i mastociti, divenendo così facilmente rilevabile con dei test clinici. Nel fenomeno allergico intervengono le immunoglobuline.
Una intolleranza invece produce una reazione lenta che insorge anche molto tempo dopo l’assunzione della sostanza, possono volerci anche giorni. La reazione è mediata dallo stimolo cellulare sulle cellule intestinali Th.